中心实行校、院两级管理和中心主任负责制。学校实验室与设备管理处负责实验中心的宏观管理与监督及实验设备设施的购置审批；实验教学中心依托理学院并接受其行政管理，实行主任负责制。中心设主任1 人，副主任2人。主任负责实验中心的总体发展规划建设和管理；副主任负责实验课程安排、实验队伍建设与管理、实验室安全管理、教学资源建设与管理、仪器设备管理等，还包括制定及修订实验教学大纲、实验教材等。实验教学中心专职管理人员负责日常管理和实验前的准备及实验后的整理工作；实验教师由专职和兼职人员组成，负责实验项目讲授、实验指导和答疑，同时也承担自制仪器研发、大学生“双创”项目指导、“挑战杯”项目指导以及对外服务等工作。实验教学中心已经形成了以实验教学为主导的规范化管理体制，运行机制如下图所示。

此外，为全面提高实验教学质量，学校在加强实验教学师资队伍建设、保障实验教学经费与场地、实现科学高效管理等方面制定了一系列政策。如《长安大学关于加强实验室建设与实验教学工作的若干意见》、《长安大学实验室开放管理办法》、《成立长安大学实验教学督导组的通知》、《长安大学实验技术研究项目立项及成果奖励暂行办法》、《长安大学优秀实验技术人员评选办法》、《长安大学实验技术成果奖评审实施方法》、《长安大学大学生创新性实验计划项目管理与激励办法》等。